Al llarg dels anys de treball del SCM s'han establert tot un seguit de col.laboracions amb diverses institucions, de forma puntual o bé mantinguda. Aquests són els organismes:

Laboratoire de Génétique et Environnement, Universitat de Montpeller
Hospital Clínic de Barcelona
Centre de Salut Internacional, Hospital Clínic/IDIBAPS
Diputació de Barcelona
Facultat de Biologia de la UB
Facultat de Veterinària de la UAB
Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA)
SCM de la Badia de Roses
SCM del Delta de l'Ebre
Institut de Salut Carlos III de Madrid